Desde entonces se ha realizado una selección del Mastín Español para su función de custodia.

Los datos genéticos nos dicen que el mastín español esta relacionado con el resto de razas de custodiar el ganado del mediterráneo y con las razas nórdicas. Sin embargo, un estudio de genético, de los restos arqueológicos de los perros nórdicos, demostró que los caracteres genéticos que estas razas comparten con los perros de custodia de ganado, han sido introducidos en época reciente. Por tanto el Mastín Español comparte un origen único, antiguo, y común con las razas de custodia de ganado de la cuenca Mediterránea.

La selección y el cuidado de estos perros ha sido diferente en las distintas regiones dando lugar a morfologías bien reconocibles. El Mastín Español sin duda ha estado asociado a la trashumancia y a la custodia del ganado Merino.

A diferencia con otros países durante 700 años la trashumancia ha sido un poderoso motor de la economía en España y sólo la lana de la oveja merina llegó a suponer el 10% de la economía nacional.

Se movieron millones de ovejas de norte a sur y de Este a Oeste sólo interrumpida localmente por la invasión musulmana. En el siglo XVIII circulaban por España 5 millones de ovejas merinas. Este movimiento de ganados se estructuró en una serie de vías pecuarias. Las veredas de un ancho hasta de 20 metros, cordeles de hasta 37 metros y medio y Cañadas de hasta 75 metros. Estructura que se completaba con las coladas sin ancho definido. Este sistema de vías pecuarias ocupa 120.000 km2 y significa el 1% del territorio nacional. La red pecuaria se completa con muchas construcciones singulares, abrevaderos, descansaderos, majadas, batanes, etc.

La importancia de la oveja merina dio lugar a una abundante legislación para proteger este recurso. El lobo fue un gran enemigo de este preciado tesoro único en el mundo, hasta que a principios del siglo XIX y con la invasión francesa las merinas pasan primero a otros países de Europa para luego saltara América y Australia. Para defender la merinas del lobo se hace un manejo de los ganados muy ordenado y se seleccionan perros mastines. Perros de ganado que tuvieron gran fama en el mundo ganadero, de la misma forma que la lana merina. La vertebración, legislación, número de cabezas y aporte a la economía regional de los ganados españoles, durante 700 años, no tiene parangón en otro lugar del mundo, y no ha existido una organización como el Honrado Concejo de la Mesta de Pastores (1273-1836), encargada de proteger los intereses de los ganados trashumantes.

No es por ello difícil de comprender que los perros de custodia de ganado en España fueran también los que tuvieron mejores cuidados, hay abundante documentación histórica al respecto, y fueran objeto de la mejor selección para la custodia de ganados trashumantes en una orografía y clima determinado.

El número de perros en trashumancia debió superar los 40.000 mastines andando cada año. Este gran número de perros, y el enorme espacio de tiempo transcurrido desde que se conocen los mastines en Iberia, constituyeron una base para la selección de los perros ganaderos sin parangón, y ha dado lugar a una gran variación morfológica en capas, estructuras, etc., pero también un continuo intercambio de perros de unos ganados a otros, provocado por la actividad trashumante. La trashumancia en España generó un flujo tan grande entre ganados que es casi imposible definir variedades locales de mastines asociadas a un territorio, como ocurre en Portugal por su menor actividad trashumante. La existencia de un excelente perro ganadero en un rebaño, en seguida se trasmitía por el entorno ganadero, y era utilizado gracias a toda esa red de vías pecuarias, por ganaderos de localidades muy alejadas. El número de perros y el flujo de información entre ganaderos da lugar a una selección imposible de hacer en las mismas épocas en los otros mastines mediterráneos.

A partir del siglo XIX la actividad trashumante empieza a decaer y continua hasta la actualidad, especialmente con la desaparición de la Mesta (1836). Se empiezan a utilizar trenes y camiones para transportar el ganado con una menor interacción entre ganaderos de diferentes lugares geográficos. El lobo disminuye por una persecución más activa a través del veneno. El bajo valor de la lana y el declive económico de las ganaderías, y en general del País, especialmente después de la guerra civil, hace que los mastines tengan una menor atención en cuidados y selección.

A partir de los años 50 empieza una preocupación por el declive del Mastín Español en las ganaderías, y surgen las primeras iniciativas privadas por criar el Mastín que conservaban las ganaderías trashumantes. Estos aficionados se acercan principalmente a las estaciones ferroviarias de León a donde llegan los ganaderos trashumantes y viajan a las brañas de León y Dehesas Extremeñas. De esta forma compran a los pastores los perros de mayor tamaño. Esta actividad tiene dos vertientes, una positiva en aquella gente preocupada por criar sobre esta base, desentendiéndose después del perro ganadero con lo que su incidencia sobre la población ganadera no fue grande y se conservaba un cierto tipo de Mastín con poca viabilidad, por los costes que genera su mantenimiento, para una función cada vez más escasa. La vertiente negativa fue sacar del campo, por parte de algunos aficionados, los pocos perros adultos y de gran tamaño que ya quedaban, para no realizar una cría propia.

Esto incidió en un continuo expolio de las ganaderías que tampoco se preocupaban en conservar lo que tenían, a través de la cría de los mejores ejemplares, ya que en ausencia de lobo en Extremadura y buena parte de Castilla, para la labor ganadera valía casi cualquier perro.

Aunque la mayor parte de las razas se han formado por su funcionalidad, estas han ido uniformizándose hacia un tipo morfológico, ya que para realizar una actividad determinada siempre una morfología es más apta que otra.

La labor de cría de algunos aficionados de este mastín de mayor tamaño llevó a la redacción en 1980 del estándar morfológico actual. Un estándar que incluye razonablemente al tipo de mastín trashumante que existió y de forma residual existe en algunas ganaderías extremeñas y castellanas.

Sin embargo, la tendencia a dirigir la cría a través de premios en concursos y exposiciones morfológicas hacia un perro cada vez más pesado, por indicación del propio estándar morfológico de la raza, ha dado lugar a algunos cruces con razas que tiene otra funcionalidad, principalmente el San Bernardo.